Modelo Estrutural Esquematicamente temos: Superestrutura + Infraestrutura 
A incorporação da estrutura e dos elementos de fundação é feita num ÚNICO modelo estrutural simplificando a resolução do problema. No SISEs, como toda a estrutura e a fundação participam de um mesmo modelo a solução final é alcançada de forma mais direta. CRV e CRH O efeito do solo é simulado no SISEs através de vínculos elásticos (coeficientes de reação vertical e horizontal – CRV e CRH) atrelados aos nós da estrutura. Estes vínculos elásticos são baseados na teoria de Winkler onde as características do solo são convenientemente tratadas e os valores dos vínculos (ou molas) são obtidos. Para fundações superficiais estes valores são definidos por tabelas de valores padronizados e/ou ensaios de placas. 
Algumas teorias são apresentadas para a obtenção dos vínculos elásticos. O SISEs está preparado para tratar algumas delas, de maior emprego no mercado. Cabe ao usuário selecionar a teoria desejada. São tratados vínculos elásticos tanto na direção vertical como na horizontal. Para a obtenção dos coeficientes de reação vertical, a capacidade de carga das estacas é obtida pelo método proposto por AOKI-VELLOSO. O cálculo dos recalques verticais das estacas, considerando o bloco da estaca isolado, é realizado segundo teoria de AOKI-LOPES, VESIC, MINDLIN e STEINBRENNER, levando em consideração o efeito conjunto do “grupo” de estacas. Para a obtenção dos coeficientes de reação horizontal foi empregado o método preconizado por WALDEMAR TIETZ. Os coeficientes de mola que se acoplam aos nós da infra-estrutura discretizada e que simulam a presença do solo, são calculados a partir dos CRV’s e CRH’s do solo onde a infra-estrutura se apóia. Extensa gama de critérios para cálculo destes coeficientes está disponível. 
Capacidade de Carga O cálculo da capacidade de carga, que no caso de fundações superficiais é a obtenção da tensão admissível, depende das características do maciço de solo, da geometria do elemento de fundação e de sua profundidade de assentamento. No SISEs foram implementados os dois métodos de cálculo de tensão admissível para fundações superficiais: 1 - Tabelas de Tensões Básicas da NBR 6122/96;
2 - Correlação Empírica por SPT. Para tubulões o método utilizado para capacidade de carga ou tensão admissível é o da Correlação Empírica pelo SPT. A partir de um valor médio do SPT obtém-se o valor da tensão admissível. 
Para estacas, um grupo de estacas próximas entre si interage com o solo pelas suas condições de contorno, além de ser ligado no topo pelo bloco rígido. A transferência de cargas ocorre através das interações entre a estrutura (estacas + blocos de coroamento + superestruturas) e os solos adjacentes. Os mecanismos envolvidos na transferência de carga dependem do modo como a estaca for carregada, ou seja, por esforço axial, lateral, de torção ou pela combinação destes. No SISEs, para o cálculo da capacidade de carga, serão consideradas apenas as estacas verticais carregadas axialmente e submetidas a esforços de compressão. A transferência da carga de compressão se dá ao longo do fuste e na base da estaca. Existem vários métodos para a estimativa de ruptura do sistema estaca-solo. Escolheu-se para o SISEs o métodos Aoki-Velloso (1975), um dos mais utilizados no país. 
O efeito da presença de diversas estacas num mesmo bloco também é considerada, isto é, a presença de uma estaca afeta as demais estacas. Máximos e Mínimos Devido a grande variabilidade dos valores que representam o solo e, consequentemente, dos respectivos vínculos elásticos que são introduzidos no modelo estrutural, a filosofia básica do SISEs é o de criar sempre dois modelos estruturais como valores máximos e mínimos para estes vínculos elásticos. Os valores máximos e mínimos são fornecidos pelo usuário em função do tipo de projeto, solo, experiência etc. Elementos Tratados Os seguintes elementos de fundação são tratados pelo SISEs: - Blocos Rígidos sobre Estacas
- Blocos Flexíveis sobre Estacas
- Estacas Escavadas Circulares e/ou Quadradas
- Estacas Pré-moldadas Circulares e/ou Quadradas
- Sapatas Isoladas Rígidas
- Sapatas Isoladas Flexíveis
- Sapatas Associadas Flexíveis
- Tubulões Isolados de base alargada circular
- Tubulões Isolados de base alargada “falsa-elipse”
- Vigas entre Elementos
- Vigas internas aos Elementos
Atualmente as sapatas e blocos possuem o formato retangular. Entretanto, através do conceito implantado no SISEs de Sapata Associada Retangular e Região Complementar Retangular, é possível simular, de forma bastante simples, sapatas associadas e radiers de qualquer formato. Limites do SISEs A versão 13 estará disponibilizando o módulo do SISES apenas para as seguintes versões do sistema CAD/TQS: EPP, EPP+, Unipro e Plena. Sendo que para cada uma destas versões existem limites de capacidade de processamento no módulo do SISES em função de itens como áreas e cargas, dentre outros, em conformidades com os limites de cada umas das versões.
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